Introductions et propagation précoce du SRAS-CoV-2 en France

La principale souche du virus présente en France est liée à un groupe génétique qui n'a pas de lien avec celles de la Chine et de l'Italie.

" Une analyse phylogénétique sur une centaine de génomes de patients échantillonnés entre le 24 janvier et le 24 mars 2020 en France révèle plusieurs introductions initiales du SARS-CoV-2 sans transmission locale "

" les données génomiques révèlent ensuite la circulation prédominante de virus d'un même clade (groupe génétique) dans de nombreuses régions françaises, compatible avec de multiples introductions. " NB: virus différent de celui de Chine et de celui d'Italie.

 

" Grâce au rôle actif du Centre national de référence dès le début, avant même l'apparition des premiers cas en France, nous savons aujourd'hui que les premiers cas importés, symptomatiques, n'ont pas donné lieu à une transmission étendue sur le territoire

Pr Sylvie Van der Werf, directrice du Centre national de référence des Virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur

 

" D'après nos premières constatations, au vu des souches séquencées, la propagation du virus en France est associée à des cas asymptomatiques. Aujourd'hui, il est important de séquencer de nouvelles souches dans différentes régions, afin de mieux comprendre le déplacement du virus en France."

Dr Etienne Simon-Lorière, responsable de l’unité Génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur 

 

Communiqué de l'Institut Pasteur du 28 avril 2020 => https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/introductions-circulation-initiale-du-sars-cov-2-france

Article en anglais => Introductions et propagation précoce du SARS-CoV-2 en France

 

La génération de Nextstrain et le script R => https://github.com/SimonLoriereLab/SARS-CoV-2-France

La phylogénie peut être visualisée de manière interactive => https://nextstrain.org/community/Simon-LoriereLab/SARS-CoV-2-France

 

30 avril 2020

 

 

 

 

 

 

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