Traçage de la pandémie (mutations du virus)

Circulation des souches du nouveau Coronavirus à travers le globe grâce aux " arbres phylogénétiques " 

Analyse génomique de la propagation du SARS-Cov-2 (traçage du virus)

NEXTRAIN

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Rapport du 15 mai 2020

Au début de la pandémie, on ne savait pas très bien comment SARS-CoV-2 se déplaçait entre les pays, où il circulait localement et comment les épidémies localisées étaient liées. Au cours des quatre derniers mois, nous avons abordé ces questions - et bien d'autres - dans nos rapports de situation hebdomadaires. À ce stade de la pandémie, il est clair que certains schémas généraux sont largement reproduits dans toutes les régions et tous les pays :

  • Les épidémies, même dans des régions éloignées du monde, sont profondément imbriquées les unes dans les autres.

  • Le virus a été introduit à plusieurs reprises dans la plupart des communautés par le biais des migrations humaines et des voyages.

  • Une fois que ces "étincelles" ont atterri dans une nouvelle communauté, beaucoup s'éteignent sans provoquer de transmission à grande échelle. Les conditions locales et un peu de hasard font que certaines de ces étincelles se transforment en épidémies locales.

  • Ces épidémies locales finissent par produire leurs propres étincelles, qui se propagent à de nouveaux endroits.

Il n'est pas surprenant que nous observions ce schéma dans les pays qui connaissent leur première vague d'infections. Plus alarmant encore, nous observons également ce schéma après les réintroductions du virus dans des pays où le pic initial était passé des mois auparavant. En fin de compte, ce schéma n'est rompu que lorsqu'un pays est en mesure de tester, de tracer et d'isoler les cas de manière efficace et immédiate.

Cela signifie que les épidémies dans le monde entier sont profondément connectées, et que la bataille contre COVID-19 sera toujours mondiale - nous ne pouvons pas conquérir le virus quelque part sans l'aborder partout.

 

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21 mai 2020

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Extraits du rapport du 17 avril 2020

  • " Les introductions en provenance d’Europe ont été à l’origine de la majorité des cas de l’épidémie de New York, mais il y a également eu des introductions en provenance d’autres régions du monde. "
  • " Au fur et à mesure que l’épidémie progresse, nous observons également des preuves de réintroductions en provenance des États-Unis vers l’Europe et l’Asie. "

 

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20 avril 2020

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Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN qui possède un système de réparation de son génome lui permettant de rectifier certaines erreurs survenues au cours de la réplication et augmentant ainsi sa stabilité (contrairement à de nombreux virus à ARN).

Un groupe international de chercheurs, international trace la pandémie de Covid-19 grâce à la phylogénétique du SARS-CoV-2 (liens de parenté entre les différentes mutations du virus).

Les rapports publiés utilisent des données génomiques partagées publiquement pour suivre la propagation du SARS-Cov-2 et sont mis à jour chaque semaine.

 

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Rapport de situation au 20 mars 2020

" Ici, nous avons analysé 723 génomes du SARS-Cov-2 partagés publiquement. En comparant ces génomes viraux entre eux, nous pouvons caractériser comment SARS-CoV-2 évolue et se déplace dans le monde.

Dans ce rapport, nous soulignons que le virus a été introduit et circule dans de nombreuses régions du globe. Pour savoir si et dans quelle mesure SARS-Cov-2 circule localement et comment les mesures d’atténuation peuvent ralentir cette propagation, il faut une bonne connaissance de la dynamique locale des épidémies. Cela nécessite à son tour des tests à grande échelle. Cela souligne l’importance d’un dépistage rapide en mettant l’accent sur le ralentissement des transmissions locales.

Dans les mises à jour de cette semaine, nous rapportons :

  • Des preuves d’introductions liées aux voyages dans de nombreuses régions du monde.
  • De nombreuses régions avec des introductions récentes peuvent s’attendre à une augmentation du nombre de cas dans une fenêtre de 4 à 8 semaines. Il faut se préparer maintenant.
  • De nombreux endroits qui ont récemment mis en œuvre des mesures de distanciation sociale peuvent s’attendre à voir des cas continuer à s’accumuler à court terme, mais les nouveaux cas vont probablement se stabiliser et diminuer à moyen et long terme.
  • Le dépistage des infections actives et des individus guéris sera vital pour faire face à cette épidémie. "

 

03 avril 2020

Une étude préliminaire aurait identifié la première mutation (considérée comme significative) du coronavirus

Des chercheurs, originaires d'Australie et de Taïwan, pensent néanmoins avoir découvert la première mutation significative du SARS-CoV-2. Leur étude a été prépubliée dans bioRxiv en attendant l'évaluation par les pairs (peer review). Celle-ci permettra de confirmer, de nuancer, ou d'infirmer leurs conclusions. "

" Des conclusions qui semblent valider la stabilité génomique du virus, dont le taux de mutation et la diversité génétique seraient bien plus faibles que ceux du précédent SARS (épidémie de de 2002-2003). Par une analyse phylogénétique, les chercheurs pensent avoir révélé l'état d'origine présumé du SARS-CoV-2 ainsi que son historique de propagation, à un stade précoce. "

Paru le 18 avril sur futura-sciences.com => https://www.futura-sciences.com/sante/breves/coronavirus-etude-preliminaire-aurait-identifie-premiere-mutation-coronavirus-2423/

18 avril 2020

Covid-19 : le virus mute tous les 15 jours !

" Jusqu'alors, Nextstrain a extrait près de 1.500 génomes [ensemble du matériel génétique, ndlr] du coronavirus. Leurs données montrent que le virus mute tous les 15 jours en moyenne. Si le mot peut alarmer, ce ne sont pourtant pas les mutations qui rendent le virus plus nocif. "

" Concrètement, le virus s'est adapté à des hôtes tous différents et à des populations différentes dans divers pays grâce à sa mutation. Et c'est par cette manière qu'il a pu contaminer autant de monde. "

Paru le 17 avril sur médisite.fr => https://www.medisite.fr/coronavirus-covid-19-le-virus-mute-tous-les-15-jours.5563631.806703.html

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