Contagiosité du SARS-CoV-2

Quel est le degré de contagiosité du SARS-CoV-2 ? 

La contamination est majeure par voie respiratoire, rien qu'en parlant dans un espace confiné ?

Qu'en est-il d'autres modes de contaminations éventuels ?

Transmissibilité potentielle du SARS-CoV-2 par les eaux usées non "hygiènisées" (non traitées) ?

" Plusieurs études ont détecté des traces du virus dans des réseaux d’eaux usées. Dangereux ? A priori, non… Mais la question mérite qu’on s’y intéresse de près, plaide l’Académie des technologies. Et pour plusieurs raisons "

" « Qu’on puisse trouver du génome de SARS-CoV-2 dans les eaux usées n’est plus discuté aujourd’hui, tranche Christophe Gantzer, professeur au LCPME, un laboratoire de l’université de Lorraine et du CNRS, où il travaille sur le comportement des virus dans l’environnement. Ce qui l’est, en revanche, est de savoir si c’est un problème ou non. » Car le génome n’est qu’un bout de virus pas toujours facile à interpréter. « Si on trouve du génome viral chez un patient – ce que permet de faire le test de diagnostic PCR [le fameux écouvillon plongé dans le nez] –, il n’y a pas de doute possible : la personne est contaminée, reprend Christophe Gantzer. En revanche, dans l‘environnement, le virus est en contact avec des éléments qui peuvent l’inactiver, et on ne sait pas dire si le génome détecté provient d’un virus infectieux ou non. » "

" La résistance dans l’eau serait bien plus faible pour les coronavirus (que pour les virus de gastro-entérites). « Ils ont pour particularité d’avoir une enveloppe en plus qui, contrairement à ce que l’on pourrait penser, les rend plus fragiles et donc moins résistants, "

Dans un communiqué du 27 avril 2020, " l'Académie des technologies appelle à poursuivre les efforts et aller même plus loin. Avant de parler de culture de virus, « il n’y a qu’une poignée de laboratoires en France en capacité aujourd’hui de faire des mesures rapides et en routine [en continue] des formes de virus de Covid-19 actives dans les eaux, déplore Bernard Saunier. "

 

Le communiqué de l'Académie des Technologies du 27 avril 2020 => https://www.academie-technologies.fr/blog/categories/presse/posts/l-academie-des-technologies-appelle-a-soutenir-la-recherche-sur-le-coronavirus-sars-cov-2-dans-les-eaux-usees

L'avis de l'Académie des Technologies du 24 avril 2020 en format pdf => Avis de l’Académie des Technologies relatif à la présence et à l’activité du coronavirus SARS-CoV-2 dans les eaux usées du 24 avril 2020

Article Coronavirus : Pourquoi l’analyse des eaux usées est-elle essentielle dans la bataille contre le virus ? paru le 30 avril sur  20minutes.fr => https://www.20minutes.fr/planete/2770359-20200430-publier-coronavirus-pourquoi-analyse-eaux-usees-essentielle-bataille-contre-virus

 

30 avril 2020

Notion de "super-spreaders" (personnes extrêmement contagieuses)

Cinétique de la contamination du SARS-CoV-2 dans les Alpes françaises, à Contamines-Montjoie (Haute-Savoie)

Selon l’analyse de l’un des premiers foyer du SARS-CoV-2 en France (en Haute-Savoie),  10 adultes et 1 enfant (3/4  des 15 cas contacts (considérés comme à haut risque d’être infectés par le premier cas index qui était un ressortissant anglais ayant séjourné à Singapour pendant plusieurs jours en janvier 2020) ont été contaminés (testés positifs et ayant tous sauf un présenté une forme modérée, avec principalement toux et fièvre, d'évulution favorable), ce qui pourrait accréditer l’hypothèse de l’existence de "super-spreaders" (super-épandeurs en français, ou super-propagateurs) c'est à dire de sujets extrément contagieux. " Ce type de patients excrèterait probablement plus de virus durant une période plus longue que les autres, du fait d’une combinaison de facteurs liés à l'hôte, au virus, au comportement individuel et son environnement, qu’il reste à établir. "

À l’inverse, l’absence de diffusion du virus à partir d’un cas secondaire (un enfant) malgré de multiples contacts à risque, semble suggérer une dynamique de diffusion différente du virus chez les enfants par rapport aux adultes.

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" Dans ce cluster, un cas asymptomatique présentait une charge virale similaire à celle d'un cas symptomatique, renforçant les observations de transmission du virus à partir de cas asymptomatiques. Il n’était pas possible d’évaluer si le cas tertiaire avait été infecté par un cas secondaire ou par le biais d’une contamination environnementale dans l’appartement. "

" Concernant l’ensemble des cas contacts identifiés par l’enquête (*), ll est peu probable que des cas symptomatiques aient échappé à la surveillance de 14 jours mais les auteurs reconnaissent que des cas asymptomatiques aient pu échapper à leur identification (l’hypothèse d’une transmission asymptomatique n’était pas encore établie à cette date). "

(*) " Au total, les enquêtes épidémiologiques ont permis d’identifier 173 personnes ayant eu des contacts à risque avec les personnes diagnostiquées, dont 112 concernant l’enfant, qui avait fréquenté deux écoles et 1 cours collectif de ski. Parmi les 173 personnes, 84 étaient considerées comme à risque modéré ou élevé. Cent soixante-neuf ont pu être contactés, dont 70 ont déclaré avoir présenté des symptômes respiratoires. In fine, 73 ont été testés dont 1 seul a été positif (le cas tertiaire). "

Synthèse en français parue sur univadis.fr le 17 avril => https://www.univadis.fr/viewarticle/covid-19-enseignements-du-cluster-de-contamines-montjoie-haute-savoie-718167?topic=covid-19&u=g7Nnk16ewgteMsQwKu4vql%2BFJTwMtMNISvLUtv0UkBK08ZAImXVhsaJ06j4kc5II&ecd=mkm_ret_200418_uniann_COVIDFR_4301702&utm_source=adhoc%20emails&utm_medium=email&utm_campaign=adhoc_coronavirus_email_uniannouncement_fre-fr_20200417&utm_content=4301702&utm_term=

Article original paru le 11 avril 2020 => https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32277759

 

18 avril 2020

Le SARS-CoV-2 est déjà transmissible 2-3 jours avant l'apparition des symptômes

 

" Dynamique temporelle dans l'excrétion virale et la transmissibilité de COVID-19 " : il s'agit d'une étude de modélisation basée sur des données publiques de 77 transmissions directes d'individu à individu, en Chine et dans le monde, pour évaluer le temps qui s'écoule entre l'apparition de symptômes chez chaque patient. L'hypothèse de départ était que la période d'incubation est d'un peu plus de cinq jours. La conclusion est qu'une personne contaminée par le SARS-CoV-2 est déjà contagieuse dès 2-3 jours avant l'apparition de symptômes (le maximum de contagiosité serait moins de 24H avant les 1ers signes) .

D'après l'étude, 44% des cas dits secondaires seraient infectés durant cette période pré-symptomatique.

Le degré de contagiosité diminuerait rapidement en une semaine d'après cette modélisation.

Paru le 15 avril sur nature.com => https://www.nature.com/articles/s41591-020-0869-5 

 

16 avril 2020

4 individus sur 5 sont "porteurs sains" (infectés, sans symptômes mais contagieux)

" Covid-19: quatre cinquièmes des cas sont asymptomatiques, c'est ce qu'indiquent les chiffres en Chine "

Depuis le 1er avril, la Chine publie quotidiennement le nombre de nouveaux cas asymptomatiques.

De nombreux experts pensent que les cas asymptomatiques et inaperçus d'infection à coronavirus pourraient être une source de contagion très importante.

Si ces premiers résultats se confirment, cela signifie que le SARS-CoV-2 est partout et qu'il serait alors inutile de se confiner ...

" depuis ce rapport de l'OMS, d'autres chercheurs, dont Sergio Romagnani, professeur d'immunologie clinique à l'université de Florence, ont déclaré qu'ils avaient la preuve que la plupart des personnes infectées par le virus ne présentaient pas de symptômes. Romagnani a dirigé les recherches qui ont montré que des tests généralisés dans un village complètement isolé d'environ 3.000 personnes dans le nord de l'Italie ont permis de réduire de plus de 90% le nombre de personnes présentant des symptômes de covid19 en 10 jours en isolant les personnes symptomatiques et celles qui étaient asymptomatiques. " (*) (*)

Article original paru dans la revue BJM le 02 avril 2020 => Bmj m1375 full pdf 4/5 cas asymptomatiques

Traduction en français de l'article ci-dessus => https://www.bmj.com/content/bmj/368/bmj.m1165.full.pdf

(*) Who china joint mission on covid 19 final report

(*) (*) Covid-19: identifying and isolating asymptomatic people helped eliminate virus in Italian village

 

12 avril 2020

Les patients Covid-19 restent contagieux pendant 20 jours en moyenne

 

Une étude chinoise a démontré que le virus pouvait être présent chez les patients pendant 20 jours

" La durée médiane de l'excrétion virale était de 20 jours chez les survivants (...). La durée la plus longue observée de l'excrétion virale chez les survivants était de 37 jours. "

Etude parue dans The Lancet le 11 mars 2020 => Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with covid 19 in wuhan china a retrospective cohort study

 

11 avril 2020

Coronavirus : la seule respiration pourrait suffire à transmettre l'infection à Covid-19

Le SARS-CoV-2 " pourrait rester suspendu dans la brume ultrafine que nous produisons lorsque nous expirons."

" La NAS cite également deux articles en pré-publication - encore non revus par les pairs. Dans le premier, du 10 mars 2020 (1), des chercheurs chinois examinent la présence d'ARN viral (matériel génétique du virus, caractéristique de sa présence) dans des échantillons d'air des hôpitaux de Wuhan. Les plus fortes concentrations sont trouvées dans les toilettes, dans les salles du personnel médical, et dans la zone de retrait des équipements de protection. Pour les auteurs, cela signifie qu'un aérosol chargé de virus peut être remis en suspension par le retrait des protections, le nettoyage des sols ou le déplacement du personnel, et constituer une nouvelle voie de transmission.

Dans la seconde étude (2) des échantillons d'air et de surface dans 11 chambres d'isolement ont été analysés pour détecter la présence du virus. Même placés à deux mètres des patients, les collecteurs d'air ont donné des échantillons positifs pour l'ARN viral ainsi que ceux placés à l'extérieur des chambres, dans les couloirs."

"Cette voie aérienne supplémentaire expliquerait pourquoi le virus se répand si vite", commente auprès de Science Kimberly Prather, chimiste spécialiste des aérosols à l'Université de Californie.

Paru sur scienceetavenir.fr le 07 avril 2020

=> https://www.sciencesetavenir.fr/sante/coronavirus-la-seule-respiration-pourrait-suffire-a-transmettre-l-infection-a-covid-19_143263#xtor=CS3-38[Coronavirus+%3A+la+seule+respiration+pourrait+suffire+%C3%A0+transmettre+l%27infection+%C3%A0+Covid-19]-143263

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La lettre de l'Académie Nationale des Sciences (NAS) aux Etats-Unis

En anglais

=> Rapid Expert Consultation on the Possibility of Bioaerosol Spread of SARS-CoV-2 for the COVID-19 Pandemic (April 1, 2020) 

ou => https://www.nap.edu/read/25769/chapter/1

 

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ARTICLES EN "PREVIEW"

" Ces articles sont des "pré-impressions" et n'ont pas été révisés par des pairs, cela signifie qu'ils font état de nouvelles recherches médicales qui n'ont pas encore été évaluées et ne qui ne devraient donc pas être utilisées pour guider la pratique clinique."

Textes en anglais

(1) " Caractéristiques aérodynamiques et concentration en ARN de l'aérosol SARS-CoV-2 dans les hôpitaux de Wuhan pendant l'épidémie de COVID-19 "

Aerodynamic Characteristics and RNA Concentration of SARS-CoV-2 Aerosol in Wuhan Hospitals during COVID-19 Outbreak => https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.08.982637v1

pdf => Aerodynamic Characteristics and RNA Concentration of SARS-CoV-2 Aerosol in Wuhan Hospitals during COVID-19 Outbreak

(2) " Potentiel de transmission du SRAS-CoV-2 dans l'excrétion virale observé au University of Nebraska Medical Center "

Transmission Potential of SARS-CoV-2 in Viral Shedding Observed at the University of Nebraska Medical Center

=> https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.23.20039446v2

pdf => Transmission Potential of SARS-CoV-2 in Viral Shedding Observed at the University of Nebraska Medical Center

 

07 avril 2020

Contamination majeure par voie aérienne

 

Une équipe du MIT (Massachussets Institute of Technology de Cambridge) vient de remettre en question le modèle de la contamination par gouttelettes tel qu'il était admis jusqu'à présent (*).

Des études en laboratoire montrent que l’expiration, l’éternuement ou la toux expulsent un nuage de gaz contenant des gouttelettes de toutes les tailles (pas que des grosses et des petites) avec plus ou moins de turbulences. La durée de vie des gouttelettes peut être de plusieurs minutes et elles peuvent être propulsées à une vitesse pouvant atteindre 10 à 30 mètres par seconde (parcourant alors une distance de 7 à 8 mètres).

Tout au long de la trajectoire du nuage, des gouttelettes contaminent l’environnement. 

Ainsi, la distance de sécurité de 1 mètre entre deux personnes est insuffisante pour se protéger d'une contamination (cf. ce qui est déjà mentionné dans l'article ci-dessous "La notion de contact étroit et l'importance de la distanciation sociale "). Le port de masque systématique dans les interactions sociales (sous réserve d'une bonne utilisation de celui-ci) limiterait très fortement le risque de contamination car il est possible d'être contaminé rien qu'en parlant (sans éternuement ni toux).

NB: cette étude réalisée dans des conditions de laboratoire peut être extrapolée à ce qui se passe probablement à l'intérieur de locaux d'habitation, de bureaux, de lieux de soins, ... mais les conditions en milieu extérieur peuvent être différentes, notamment en fonction des conditions atmosphériques.

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Pour découvrir l'étude => https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2763852?guestAccessKey=1ed994c4-8053-429e-9e80-f9e1d39b11ad&utm_source=silverchair&utm_medium=email&utm_campaign=article_alert-jama&utm_content=olf&utm_term=032620cathe

NB: lien vidéo dans l'article

 

(*) ANCIEN MODELE DE CONTAMINATION PAR GOUTTELETTES

En 1897, Carl Flügge (bactériologiste allemand) avait mis en évidence que des agents pathogènes étaient présents dans des gouttelettes émises lors de l'expiration de patients infectés. Ce modèle avait été revu dans les années 1930 par le Pr William F. Wells (Ecole de Santé Publique de Harvard) qui, lors de ses travaux de recherche sur la contagiosité du bacille de la tuberculose, avait distingué deux sortes de gouttelettes

  • les plus grosses qui tombaient et contaminaient l’environnement du malade (les surfaces)
  • les plus petites qui s’évaporaient et s’assèchaient en passant de la chaleur humide des bronches et des voies aériennes supérieures à l’air ambiant (plus sec et plus froid): formation d'aérosol, c'est à dire d'une suspension de particules dans un gaz (par ex. le brouillard est un aérosol).

Les recommandations de l’OMS et de la plupart des agences sanitaires reposaient encore sur ces notions au début de la Pandémie Covid-19 

 

03 avril 2020

Contagiosité du coronavirus SARS-CoV-2 et notion de charge virale

Le 16 mars, le Pr Didier RAOULT, directeur de l'IHU Méditerranée-Infection (https://www.mediterranee-infection.com/) a expliqué que la contagiosité d'une personne infectée par le Covid-19 est liée à la charge virale (quantité de virus au sein de l'organisme) et que ce ne sont pas les enfants qui sont les plus contagieux (la proportion d'enfants porteurs est très faible pour le Covid-19, jusqu'à 15 ans, contrairement à ce qui se passe pour la grippe saisonnière avec les très jeunes enfants au début de la socialisation) mais les adultes (le nombre de cas de porteurs du virus commence à doubler à partir de 18 ans)

Les facteurs de risques en cas d'infection Covid-19 sont l'âge et les pathologies associées ainsi que la durée de portage du virus.

Les premières analyses rétrospectives mettent en évidence que la durée de la  "charge virale moyenne" serait de 20 jours pour le Covid-19 (donc contagiosité au delà des 14 jours annoncés jusqu'à présent).

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Diaporama présenté le 16 mars au sujet des 1ers cas traités par la Chloroquine ou par l'hydroxychloroquine (diminution du taux de portage de 90% à 25 % en 6 jours) et l'effet de l'association avec un antibiotique qui limite à la fois la contagiosité et l'évolution des infections virales respiratoires vers les formes sévères ou critiques => https://www.mediterranee-infection.com/wp-content/uploads/2020/03/COVID-19.pdf

 

17 mars 2020

Vidéo de présentation du diaporama => https://www.mediterranee-infection.com/coronavirus-diagnostiquons-et-traitons-premiers-resultats-pour-la-chloroquine/

Longévité du coronavirus SARS-Co-2 dans l'air et sur des surfaces

 

Longévité du coronavirus

Covid-19 : le coronavirus aurait-il été transmis à l'humain via le chien errant (et non le pangolin) ?

 " Chauve-souris ? Pangolin ? Serpent ? Nombre d’hypothèses se sont succédé depuis l'émergence du SARS-CoV-2 afin de déterminer son origine animale. Depuis maintenant plusieurs mois, des scientifiques du monde entier sont à la recherche de l’hôte intermédiaire qui a permis au virus de passer des chauves-souris, dont on sait qu'elles abritent de nombreux coronavirus, à l'Homme. D'après un chercheur canadien de l’Université d’Ottawa (Canada), c’est du côté des chiens errants qu’il faudrait regarder. "Nos observations ont permis la formation d'une nouvelle hypothèse sur l'origine et la transmission initiale du SARS-CoV-2", introduit ainsi le Dr. Xuhua Xia son étude publiée dans la revue Molecular Biology and Evolution. "

Paru sur sciencesetavenir le 20 avril 2020 => https://www.sciencesetavenir.fr/animaux/chiens/covid-19-l-intestin-du-chien-passerelle-potentielle-entre-la-chauve-souris-et-l-humain_143561

Covid-19 : contamination en chaîne dans un restaurant chinois climatisé

Le facteur clé de la contamination en chaîne semble avoir été la direction de l’air pulsé par le climatiseur, la transmission aérienne s’étant faite par les gouttelettes.

Paru dans lemonde.fr le 20 avril 2020 => https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/04/20/covid-19-contamination-en-chaine-dans-un-restaurant-chinois-climatise/

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